1. 简介 #

KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库，它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。KEGG主要包含以下数据库：

其中在 KEGG PATHWAY 数据库中，将生物代谢通路划分为 6 类，分别为：细胞过程（Cellular Processes）、环境信息处理（Environmental Information Processing）、遗传信息处理（Genetic Information Processing）、人类疾病（Human Diseases）、新陈代谢（Metabolism）、生物体系统（Organismal Systems），其中每类又被系统分类为二、三、四层。第二层目前包括有 43 种子 pathway；第三层即为其代谢通路图；第四层为每个代谢通路图的具体注释信息。

2. 探索 #

首先打开KEGG数据库，你会进入下面这个界面，我们直奔主题，点击KEGG PATHWAY。

点击三级分类的通路，就可以找到我们想要的pathway map了。比如点击三级分类pathway map 的“cell cycle”，然后就进入了下面这样的界面。

一般默认是人的pathway，如果你像查看其他物种上的pathway，你需要点击下拉三角形，选择你所关心的物种。如下面图中所示

KEGG pathway中有着大量的通路图，以PI3K-Akt signaling pathway（ko04151）为例，里面包含了大量的蛋白等化合物，以及它们之间相互作用的关系。

3. 看图说话 #

在KEGG中有两种代谢图

• 参考代谢通路图reference pathway，是根据已有的知识绘制的概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图，这种图上就不会有绿色的小框，而都是无色的，所有的框都可以点击查看更详细的信息；

• 特定物种的代谢图species-specific pathway，会用绿色来标出这个物种特有的基因或酶，只有这些绿色的框点击以后才会给出更详细的信息。

这两种图很好区分，reference pathway 在KEGG中的名字是以map开头的，比如map00010，就是糖酵解途径的参考图；而特定物种的代谢通路图开头三个字符不是map而是种属英文单词的缩写（应该就是一个属的首字母+2个种的首字母）比如酵母的糖酵解通路图，就是sce00010，大肠杆菌的糖酵解通路图就应该是eco00010。 代谢通路中各种符号标识 ：

• K+num：基因ID号，表示在所有同源物种中具有相似结构或功能的一类同源蛋白
• ko+num： 代谢通路名称，表示一个特定的生物路径
• M+ num： 模块名称
• C+ num： 化合物名称
• E-,-,-,-： 酶名称
• R + num : 反应名
• RC+ num ： 反映类型
• RP+num： 反应物对

图例作用关系：

参考： https://www.wxwenku.com/d/106727898 http://blog.sciencenet.cn/blog-1835014-1123749.html

最后一次修改于 2018-11-24